办公室（合署）
　　综合协调机关重要事务、政务工作；负责公文处理、信息、信访、机要、档案、保密、机关保卫、议案、建议和提案工作；负责重要会议的组织工作；负责重要文件和会议决定等重要事项的督查工作。
政策研究与法制工作处（合署）
　　负责组织本市教育改革与发展和教育系统党建与思想政治工作重大问题的调查研究，提出决策建议；负责组织起草或审核本市教育地方性法规、规章草案；指导教育系统行政执法监督检查工作；承办行政复议、行政诉讼应诉等工作；组织起草教育系统重要文件、领导讲话；组织搜集、整理、编辑国内外教育动态和党史资料，社会科学信息；组织协调教育系统普法工作。
老干部处（合署）
　　负责指导高教系统、直属单位老干部工作和北京教育系统老干部活动中心的工作，负责本机关离、退休人员管理工作。
组织处
　　负责贯彻落实中央和市委关于党的基层组织和党员队伍建设的有关指示、要求和工作任务；指导高等学校和局级直属单位党组织的思想和组织建设，以及党员的教育、管理和发展工作； 会同市委组织部指导教育系统局级单位党委、纪委换届工作；协助市委组织部做好教育系统基层党组织的组建、撤销、更名、变更隶属关系工作；党内统计工作和党费管理工作；承担党内评比表彰工作；组织指导高教系统参加党的全国代表大会、市党员代表大会代表的推荐选举工作。
干部处
　　负责贯彻落实中央和市委关于干部和知识分子工作的方针、政策；按干部管理权限负责有关领导班子和干部队伍建设；协助市委组织部管理教育系统市委管理的干部；负责管理市委委托管理的干部；负责指导高等学校和有关直属单位领导班子民主生活会；协助市委组织部对市委管理的干部的审查，负责对市委委托管理的干部的审查，以及贯彻落实党内有关规定的监督、检查工作；组织落实培养选拔后备干部、优秀中青年干部工作；负责高等学校和有关直属单位政工专业职务评定、政工专业队伍管理工作；按干部管理权限，组织、指导干部培训工作；负责机关处级干部管理工作；组织教育系统的全国、市人大代表和全国、市人大常委候选人推荐工作。
宣教处
　　负责党的理论、路线、方针、政策的宣传教育；负责高等学校师生员工思想动态的调研、理论学习和思想政治工作；指导高等学校宣传思想政治工作队伍的建设；负责教育系统精神文明建设的规划与指导；组织协调教育系统新闻宣传和对外宣传工作。
统一战线与群众工作处
　　负责指导检查高等学校党委贯彻落实党的统战工作方针、政策的情况；指导高等学校党委做好统战工作；研究提出本市教育系统落实党的统战政策的意见；组织推荐教育系统全国、市政协委员和常委的人选；负责联系教育系统工会、妇女工作。
基层联络处
　　负责联络高等学校和区县教育部门，对各单位贯彻执行党的路线、方针、政策及上级党和政府决定的情况，对教育改革和发展、党的建设和思想政治工作的情况进行调查研究，检查督促，向两委领导班子反映基层情况，提出意见建议；负责普职成教系统领导干部培训工作；负责指导北京市教育党校和普教、高职中专学校党建研究会工作。
保卫保密处
   
教育纪工委、驻市教委监察处
　　教育纪工委、驻市教委监察处是市纪委、监察局的派出机构，由市纪委、监察局直接领导，实行合署办公，履行党的纪律检查和行政监察两种职能。负责监督检查市委教育工委、市教委（以下简称“两委”）及教育系统贯彻执行党的路线、方针、政策，遵守国家法律、法规，执行市委、市政府决定、命令的情况；监督检查“两委”领导班子及其成员维护党的政治纪律，贯彻执行民主集中制，选拔任用领导干部，贯彻落实党风廉政建设责任制和廉政勤政的情况；协助“两委”组织协调“两委”机关及教育系统的党风廉政建设和反腐败工作；经市纪委、监察局批准，对“两委”领导班子及其成员违反党纪政纪的问题按有关规定和程序进行初步核实；协助“两委”机关纪委和高校纪委做好处级干部违反党纪政纪案件及其他重要案件的查处工作。按照有关规定，受理检举、控告和不服处分的申诉；承办市纪委、监察局交办的事项，协助“两委”办理有关事宜。